Музей создан в одном из красивейших зданий Свияжска первой половины XIX в. Этот дом был выбран для Музея Гражданской войны не случайно. По местным преданиям здесь в 1918 г. останавливался Лев Троцкий – народный комиссар по военным и морским делам, председатель Революционного военного совета Советской Республики. В музее демонстрируются историческая кинохроника и видеосюжеты по истории Гражданской войны, биографии Троцкого и троцкизму.
В экспозиции создан условный «рабочий кабинет» наркомвоенмора, выставлены его печатные труды. Историческими свидетельствами эпохи являются подлинные предметы – находки с мест боев 1918 г. В одном из разделов экспозиции находится карта-реконструкция Восточного фронта Гражданской войны.